В центре сюжета аниме находятся четыре героини, каждая из которых пришла из разных миров. Сая Согэцу — обычная старшеклассница из Голубого мира, где царит мир и спокойствие. Альмария — вампирша из Мира тьмы, стремящаяся понять тайны разрушения. Эльэль — девушка с потерянной памятью, чья родина — Красный мир. И, наконец, Стелла, андроид из Белого мира, созданная для поддержания баланса и гармонии.
Всё меняется, когда в одном из миров открываются таинственные порталы «Хайро», объединяющие разные миры воедино. Вскоре после этого, обычные девушки начинают проявлять необычные способности, известные как «Эксида». Этих девушек, обладающих уникальными силами, стали называть «прогрессами». Для их обучения и развития была создана специальная академия на отдаленном острове Сэйран в Тихом океане.
Академия становится местом, где героини учатся контролировать свои силы и противостоять темным силам, стремящимся использовать их для своих целей. Вместе они сталкиваются с множеством испытаний, открывают новые тайны своих миров и постепенно раскрывают свою истинную сущность. «Ange Vierge» — это история о дружбе, отваге и поиске себя в мире, где границы реальности размыты, а судьба миров висит на волоске.