Действие аниме происходит на континенте Вавилон, где когда-то была открыта алхимия — наука, которая вскоре стала причиной кровопролитных войн между семью нациями. Каждая из них стремилась использовать могущественную Вавилонскую башню для достижения превосходства. Однако, осознав неизбежность полного уничтожения, нации были вынуждены заключить мирный договор, запрещающий использование алхимии.
Однако в 911 году нация Люстриса нарушила договор, собрав армию алхимиков для завоевания континента. Остальные шесть наций, возглавляемые Энвилией, объединились и ответили на вызов, заставив алхимию снова уйти в тень. Прошло двадцать лет после этой войны, и казалось, что алхимия навсегда забыта. Но неожиданно она вновь начинает вызывать хаос и разрушения.
Спустя годы относительного мира, алхимия снова возвращается, чтобы бросить вызов стабильности континента. Новые герои и злодеи, обладающие знаниями и силами алхимии, вступают в противоборство, переворачивая судьбы наций и личные судьбы героев. Вавилонская башня, которая когда-то была символом надежды, теперь становится источником страха и ненависти. Кто же победит в этой новой войне — светлые силы, стремящиеся к миру, или темные, жаждущие власти и разрушения?