В далеком будущем Япония столкнулась с угрозой, исходящей от научных экспериментов по созданию искусственных организмов. Один из таких экспериментов закончился катастрофой, которую впоследствии назвали "Взрывом". В результате утечки экспериментального вещества под названием "Материя" произошел неконтролируемый инцидент, быстро распространившийся по Куробскому ущелью. Город, который когда-то был центром научного прогресса, превратился в опасную зону, закрытую для внешнего мира правительством.
Два года спустя пятнадцатилетняя Айко Татибана, потерявшая семью во время "Взрыва", узнает, что её судьба тесно связана с теми событиями. Неожиданная встреча с таинственным учеником Юи Кандзаки заставляет её переосмыслить прошлое. Юи раскрывает Айко шокирующую правду: "Взрыв" был не случайным, а результатом скрытых экспериментов, и в её теле скрыт ключ к разгадке этого бедствия. Он утверждает, что источник трагедии находится в "Первичной Точке", где все началось, и предлагает Айко отправиться туда, чтобы раскрыть тайну "Материи".
Для реализации этого опасного плана им потребуется помощь отряда дайверов — людей, способных перемещаться по зараженной зоне благодаря специальным органическим костюмам. Эти костюмы обеспечивают защиту от смертельной среды "Материи". Айко и Юи должны проникнуть в "Первичную Точку", чтобы выяснить истинную природу "Материи" и понять, что произошло на самом деле. Их путешествие будет полно опасностей, но они надеются найти ответы, которые изменят их жизнь навсегда.