Ётаро Мисаки [三崎 葉太郎] пробудился на песчаном пляже, ощущая солнечный свет, проникающий сквозь его веки. День, казалось, пролетел незаметно, пока он лежал на берегу, погруженный в свои мысли. Неожиданно он встречает Араси Муто [武藤 嵐], менеджера необычного заведения под названием «Ресторан медуз». Ётаро чувствует себя потерянным, не помня ничего о своем прошлом, кроме туманных образов. Араси, видя его растерянность, решает взять юношу под свою опеку, надеясь, что память вернется сама собой.
В «Ресторане медуз» Ётаро начинает постепенно адаптироваться к новой жизни, пытаясь разобраться в своих чувствах и мыслях. Он сталкивается с странными клиентами и загадочными событиями, которые происходят в заведении. Араси, будучи не только менеджером, но и своего рода наставником, помогает Ётаро найти хоть какую-то опору в этом хаосе. Тем временем, Ётаро начинает осознавать, что его забывчивость скрывает нечто более глубокое и болезненное.
Однажды Ётаро обнаруживает, что его память возвращается не полностью, а в виде фрагментов, которые не дают ему покоя. Он помнит смерть своего брата-близнеца, событие, которое, казалось бы, должно было оставить его в полном одиночестве. Это открытие ставит под сомнение его истинное предназначение и то, почему он оказался именно в этом месте. Араси, узнав о его прошлом, решает помочь Ётаро разобраться в своих чувствах и найти ответы на вопросы, которые мучают его. Так начинается их совместное путешествие по восстановлению памяти и поиску истины.