В мире, где рациональность символизируется голубым цветом, не прекращаются атаки монстров, известных как Nightfly O'Note. Эти существа происходят из Красного мира, который олицетворяет инстинкты. В центре событий — Акари Асаги, 17-летняя исследовательница, которая получает ответственную миссию возглавить оборону на острове Рюкю.
Акари назначают командующей в Ryuukyuu LAG, важной военной базе на островах Исигаки и Ириомоте. Здесь она знакомится с шестым боевым подразделением "IS", сформированным через четыре года после трагической гибели предыдущей пятерки. Эти шесть воинов, известных как Scared Rider Xechs, обладают уникальными способностями и готовы противостоять угрозе со стороны Красного мира.
В процессе борьбы с Nightfly O'Note Акари должна не только координировать действия своих бойцов, но и укреплять их связи между собой. Каждый из них обладает своей историей и мотивами, и Акари становится для них не только лидером, но и другом. Вместе они стремятся защитить свой мир от разрушительных сил инстинкта, одновременно раскрывая тайны своего прошлого и будущего.