Хисонэ Амакасу, юная и невинная девушка, прибывает на базу ВВС Японии, чтобы начать новую главу своей жизни. Её простодушие и наивность часто приводили к недоразумениям, и она решила, что лучший способ избежать обид — это держаться подальше от людей. Однако, её жизнь кардинально меняется, когда она сталкивается с таинственным драконом типа «OTF», который способен превращаться в мощный боевой истребитель. Дракон, скрытый на базе, выбирает Амакасу своим пилотом, перевернув её мир с ног на голову.
Вместе с драконом Хисонэ открывает для себя новый мир, полный опасностей и тайн. Легенды гласят, что драконы обладают ключом к будущему мира, и теперь Амакасу, наряду с другими драго-пилотами, должна раскрыть эту тайну. Её наивность и доброта, которые когда-то были источником проблем, теперь становятся её сильными сторонами. Вместе с новыми друзьями и союзниками, Хисонэ отправляется в путешествие, чтобы защитить мир и раскрыть правду о драконах.
«Драго-пилоты» — это история о росте, дружбе и открытии себя. Хисонэ Амакасу, несмотря на свою наивность, становится неожиданным героем, который должен научиться управлять своей новой силой. Её путь полон испытаний, но и полон надежды и возможностей. Вместе с драконом и другими пилотами, она будет бороться не только за свою судьбу, но и за будущее всего мира. Это аниме заставляет задуматься о том, как даже самые невинные и незаметные люди могут стать ключевыми игроками в великих событиях.