2071 год. Человечество расширило свои границы далеко за пределы Земли, основав колонии на Венере, Марсе и даже на далёких лунах Юпитера. Однако этот золотой век человечества был омрачён катастрофой, которая навсегда изменила жизнь всех обитателей Солнечной Системы. Техногенная авария на Луне привела к её полному разрушению, а последствия оказались ужасающими. Метеоритные дожди, вызванные взрывом, сделали поверхность Земли непригодной для жизни, а в первые же недели после катастрофы погибло почти половина человечества — 4,7 миллиарда человек. Выжившие, спасаясь от хаоса, перебрались в колонии на других планетах, оставляя Землю в руинах.
Но даже в новых условиях жизнь не стала проще. Преступность, которая разрасталась по всей Солнечной Системе, превратилась в настоящую угрозу для общества. Для борьбы с этим феноменом правительства колоний вновь обратились к древней практике — охоте за головами. Охотники за головами, или «бэндситы», как их стали называть, стали одной из самых востребованных профессий. Они путешествуют по всей Системе, преследуя опасных преступников и получая за это немалые деньги. Среди них — Спайк Шпигель и Джет Блэк, два охотника с разными историями, но с одной целью.
Однажды их пути пересекаются на борту космического корабля «Bebop», который становится их временным домом. Здесь они встречают Фэй Валентайн, женщину с тёмным прошлым и огромным долгом, Радикала Эдварда, необычного гениального хакера, и Эйн, генетически модифицированную собаку с удивительными способностями. Вместе эта странная компания начинает свои приключения, полные опасностей, юмора и неожиданных поворотов. Каждый из них несёт на своих плечах тяжёлое прошлое, но именно на борту «Bebop» они находят новый смысл жизни и друг друга.