Лиричная волшебница Наноха

История повествует о Нанохе Такамачи, девочке-младшекласснице, которая живёт обычной жизнью вместе с родителями, братом и сестрой. Однажды её повседневный уклад резко меняется, когда она спасает раненого говорящего горностая. Этот горностай оказывается магом по имени Юно Скрая, который прибыл на Землю из параллельной вселенной с особой миссией.

Юно — археолог, который ищет древние артефакты под названием «Драгоценные Семена». Эти опасные и могущественные предметы даруют сверхъестественные силы тем, кто с ними контактирует, но часто превращают их в монстров. Юно, раненный одним из таких существ, вынужден временно принять форму горностая и полагаться на помощь Нанохи. Он даёт ей магическое устройство под названием «Raising Heart», которое оказывается волшебной палочкой.

К удивлению обоих, Наноха демонстрирует невероятные способности к магии. Так начинается их совместное приключение по борьбе с монстрами и поиску Драгоценных Семян. Однако они не знают, что не одни ищут эти артефакты. Вскоре им предстоит столкнуться с другими охотниками за Семенами, чьи цели могут быть совсем иными.