В эпоху Бакумацу, когда будущее Японии висело на волоске, молодые сердца пылали страстью к переменам. Синсаку Такасуги, отважный наемник из Тёсю, и его верный друг Когоро Кацура [桂 小五郎] отправились на государственный корабль в поисках легендарного «хронометра» — артефакта, способного управлять течением времени. Синсаку опасался, что правительство захочет использовать эту силу в своих корыстных целях, и решил уничтожить его, чтобы предотвратить катастрофу. Однако, когда они наконец нашли хронометр, его тут же украл неизвестный вор, и теперь наши герои преследуют его до самой резиденции правительства в Киото.
Прибыв в столицу, Синсаку и Когоро обнаруживают, что мир, который они знали, канул в Лету. Правительство было свергнуто, и теперь эти земли правятся божеством Сусаноо. Улицы Киото изменились до неузнаваемости, а люди, которых они знали, кажутся далекими от реальности. Несмотря на все эти перемены, миссия Синсаку и Когоры остается прежней — они должны найти способ «перезагрузить» время и спасти свой народ от темных сил, жаждущих захватить власть над миром.
В этом новом, загадочном мире, где древние боги смешались с технологиями будущего, Синсаку и Когоро сталкиваются с невероятными испытаниями. Они должны не только противостоять силам, стремящимся использовать хронометр в своих целях, но и разгадать тайну, которая скрывается за его появлением. Время неумолимо, и каждый шаг, который они делают, может изменить ход истории. Смогут ли они найти способ вернуть мир к его естественному ходу, или же их попытки лишь углубит пропасть между прошлым и будущим? Ответы ждут их в самых неожиданных местах, и каждый выбор, который они сделают, будет иметь последствия, далеко выходящие за рамки их понимания.