В не столь отдалённом будущем Мировой океан становится ареной новой угрозы. Террористическая организация USR (Undersea Silence Revolution), возглавляемая безжалостным Адмиралом Редом, начинает свою агрессивную кампанию. Его цель — захватить мирные воды, превратив их в поле битвы. Для противодействия этой угрозе мировые державы создают Организацию Объединённого Флота PKN (Peace Keep Navy), чья задача — защитить океаны от нарастающего хаоса.
На церемонии представления флота PKN, когда все корабли готовятся к выходу в море, Адмирал Ред совершает неожиданный налёт. Его цель — уничтожить флот, пока тот не успел развернуться. Однако его планы нарушает подводная лодка 707, которая, несмотря на свою медлительность, успевает вмешаться. Несмотря на то, что 707 удаётся спасти флагман, Адмирал Ред всё же наносит удар, потопив лодку, и отступает, оставив флот PKN в растерянности.
Год спустя подводная лодка 707 восстанавливается, а её команда, во главе с храбрым капитаном Хаями, снова отправляется в море. Тем временем флот PKN, не дождавшись 707, вступает в бой с флотом Адмирала Реда и терпит сокрушительное поражение. Даже новейшая американская подлодка Great Guardian оказывается уничтожена. Когда 707 наконец прибывает на место битвы, весь исход противостояния зависит от неё. Адмирал Ред видит в капитане Хаями единственного достойного соперника, и теперь судьба флотов висит на волоске.