Прошло уже десять лет с момента кровавого противостояния между могущественными кланами Ига и Кога, которое решило судьбу сёгуната. Эта вражда когда-то погружала страну в бесконечные войны, но теперь она осталась лишь в памяти. Раны тех времён всё ещё не зажили полностью, но время помогло наладить хотя бы видимость мира. Два великих клана ниндзя, которые когда-то были заклятыми врагами, теперь живут в напряжённом сосуществовании. Хотя их интересы не раз сталкивались за эти годы, ни один конфликт так и не перерос в открытую войну. Оба клана осознали, что продолжение вражды приведёт лишь к разрушению будущего Японии. Страна наконец обрела хотя бы видимое спокойствие.
Однако за этим внешним покоем скрывались тёмные силы, которые не могли смириться с текущим положением дел. В тени, вдали от глаз обычных людей, таинственная организация собирала свои ресурсы. Она ненавидела хрупкую гармонию, которая установилась между кланами, и мечтала разрушить её. Их планы были чёткими: погрузить страну в хаос и вернуть её к эпохе бесконечных войн. Они действовали тихо, устраняя препятствия на своём пути, начиная с малозначительных феодалов и постепенно продвигаясь к более влиятельным фигурам. Их истинные цели оставались загадкой, но одно было ясно: Япония снова оказалась на грани хаоса, как перед надвигающейся бурей.
На горизонте замаячила новая эпоха конфликтов и разрушений, но оставалась надежда. Надежда на то, что ниндзя из великих кланов Ига и Кога смогут вновь стать защитниками страны. Они, которые когда-то были врагами, теперь могли стать единственной силой, способной остановить тёмные замыслы. Но смогут ли они преодолеть свои старые раны и объединиться ради спасения Японии? Или хаос всё же поглотит их, как когда-то поглотил мир их предков? Всё зависело от их выбора, но время неумолимо шло вперёд, унося с собой последние иллюзии о мире и гармонии.